1947年初，中共中央致电东北局副书记兼东北民主联军副政治委员的彭真，要他赴中央参加土地会议。根据中共中央的指示，彭真先利用一个多月的时间到东北各地深入调查了解土改的具体情况。“五一”过后，他即率东北代表团从哈尔滨市出发，当时加上警卫人员共计有40余人，经内蒙古自治政府所在地白城子，到达中共冀察热辽分局所在地林西时，得知中央决定在7月在平山西柏坡召开全国土地会议。于是，彭真一行于6月上旬动身出热东，经冀东、冀中根据地，于7月上旬安抵西柏坡。途中，彭真同志边走边对土改作调查研究。他先后就东北的经验和沿途观感，对冀察热辽分局和冀东区党委领导干部着重就土改问题讲了许多重要意见。

7月17日至9月13日，全国土地会议在西柏坡村恶石沟胜利召开。彭真作为大会主席团成员、常委，在会议前期听取各代表团关于土改情况的汇报。他很少发表意见，只是偶尔在听汇报中插几句话或提出询问。同时，他作为东北代表团团长，向大会递交了相关材料，汇报了东北土改发展的过程、经验和成果。大会期间，彭真在9月12日就贯彻《中国土地法大纲》(草案)作了报告，指出全国土地会议的重要历史意义，即一是土地的彻底平分，一是党改造为毛泽东思想的纯洁的党。对平分土地，他强调要把握坚持党的领导，坚持依靠贫雇农为中坚，坚持团结中农等三个环节。关于整党，他分析了党内组织上、思想上、作风上不纯的表现和问题存在的原因，强调必须打通思想，整顿组织，提高党的质量，才能搞好土改。彭真的这一思想得到了中央的认可和赞同。会议结束不久，彭真即接到中央指示，要他以中央政治局委员的资格到力量相对比较薄弱的晋察冀中央局，帮助与指导土改工作。于是，彭真从西柏坡到了晋察冀所在地阜平，帮助召开晋察冀中央局扩大会议，统一全局认识，增强领导核心的团结。尔后，又召开了县以上干部约900人参加的边区土地会议，全面贯彻全国土地会议精神。尤其针对各地出现的“左”的现象，彭真非常重视，他专门到北岳四专区听各县委汇报，开干部和群众座谈会，同土改工作组交谈，进行了长时间的调研。他亲自起草《我们应如何执行中央关于一九四八年工作的指示》的报告，总结全国土地会议以来华北地区的土改和整党工作中，以坚持真理、修正错误的精神检讨了工作的得失，提出了系统纠正“左”的意见。同时强调，由于土地改革业已大部完成，今后中心任务应转到恢复与发展生产方面去。在彭真的努力下，刘少奇高度评价了晋察冀的工作，认为“将成为工作转变的开始。”

1948年5月，毛泽东率中共中央各机关到达到西柏坡后，任命彭真为中央组织部部长兼政策研究室主任。面对全国即将胜利的局面，彭真把建立中组部的各项制度作为“一个中心环节”来解决。在他的亲自主持下，中组部起草《中共中央组织部关于部门业务与报告请示制度的通知》，并经毛泽东、朱德、周恩来、任弼时、彭真、陆定一圈阅后下发各地组织部门。《通知》对中组部开展日常工作进行了细化和统一部署。主要为十一个方面：(1)研究党内思想动态，协同宣传部门指导党的学习；(2)系统地了解党员与干部，对入党人员进行严格审查；(3)研究和审查与非党群众联系的各种形式，并经常改进党的与非党、群众的组织形式和斗争形式；(4)指导与改进党规党法的实施，拟订组织与干部工作的条例与党内法规；(5)调动自己的力量，挑选、配备、调整及重新训练干部；(6)研究、检查和改进党内各方面关系和党与群众之间的关系；(7)检查党的决定和指示的执行情况，开展党内的批评与自我批评；(8)指导各种支部工作的研究和规则；(9)熟悉党组织力量分布状况，规定党的发展方针与计划，并指导党的发展的进程；(10)考察党员履行权力和义务的情况，注意发展党内政党的民主生活，提高党员和干部的责任心和积极性；(11)检查党章的实施情况，特别是民主集中制和纪律实施情况。

在彭真的领导下，党的各级组织部门迅速把各项工作建立并健全起来，尤其是建立了组织部门经常的报告请示制度，各地组织部门分期地、有重点地，将上述各项业务的进行情况与党务方面的各种问题及解决办法，有分析、有结论地向上级报告并请示。这些方面不仅严格了党内组织部门的工作制度和工作秩序，为党更好更快地克服无政府状态创造了条件，使党内出现了空前的团结统一，极大地增强了党的战斗力，适应了迅速发展的革命形势。

10月以后，作为中央政策研究室主任，彭真又投入大量精力抓业务建设，规范政策研究室的组织机构、扩展业务范围，制定工作制度。12月15日，中共中央发出《关于中央政策研究室业务的通知》和《中央政策研究室工作大纲》，这将中央政策研究室的研究范围、日常工作内容、内部分工及组织机构、所需建立的制度、当前调查研究工作重点一一作了说明，使中央政策研究室的工作走向正规化。

这一时期，随着形势的发展，城市的接管和建设成为党的头等大事。彭真研究的工作重点遂放在城市接管政策上，与研究室秘书长廖鲁言起草了城市军管会组织条例、入城守则、对伪警察局人员处理办法、国民党三青团员登记办法、对国民党特务处理办法、对外侨管理暂行条例等等，为接收和管理城市做出了纲领性的政策。

1948年11月8日，毛泽东要求彭真一个月至多一个半月内准备好接管北平、天津等地的人员。接到此任务后，他马上着手组织，从中组部、中央政策研究室、华北局党校、华北大学、华北城工部等部门调集了大批干部。12月15日，作为北平市委书记，彭真与大批干部离开西柏坡，陆续集中到达良乡，开始了大批城市的接管和建设工作。